Os desenvolvedores da equipe de estúdio Ninja explicou por que Ninja Gaiden (2004) e Ninja Gaiden (2008) na coleção Ninja Gaiden: a coleção mestre é baseada em versões Sigma em causa de censura. Como se viu, o código-fonte das versões originais foi perdido.
Em uma entrevista para a revista japonesa Famitsu, a cabeça do Ninja da equipe e o desenvolvedor de chumbo Nioh 2 Fumihiko Yasuda (Fumihiko Yasuda) disse que os criadores decidiram levar a versão Sigma não só porque no momento são as últimas reimpressões de jogos. O estúdio não pôde restaurar o código-fonte do Ninja Gaiden e Ninja Gaiden Black para o Xbox original e a base Ninja Gaiden 2 para o Xbox 360.
Respondendo a uma questão de um dos usuários do Twitter, os desenvolvedores confirmaram que o Ninja Gaiden Sigma 2 não poderá habilitar a exibição de sangue, como na versão mais lançada no PlayStation Vita. Provavelmente, tais restrições se relacionam com o primeiro ninja gaiden.
Fumihiko também esclareceu que os desenvolvedores mudaram a complexidade no Ninja Gaiden Sigma 2 de tal forma que no modo de missões de tag era possível jogar sem um segundo jogador. Multiplayer de jogos decidiu remover devido à falta de orçamento e tempo de desenvolvimento.
Os fãs com a decisão do estúdio são infelizes e acreditam que os autores poderiam retornar às características ausentes da reedição. Apesar da presença de conteúdo adicional, gerenciamento reciclado e outras inovações, a versão Sigma gostava de todos. Ninja Gaiden Sigma não pode ser cortado por adversários humanos, e Ninja Gaiden Sigma 2 reduz o número de inimigos, o estoque de sua saúde foi aumentado e a violência foi desencadeada (o sangue é substituído por neblina roxa, os membros cortados não permanecem o solo, e não há desmembramento e sangue nos rolos). Na versão japonesa do Ninja Gaiden Sigma 2, apenas monstros podem ser decapitados, e a cor das telas de menu e o jogo é alterada de vermelho para azul.