O complexo de computação de alto desempenho da Academia Russa de Ciências (RAS), construído pela RSK, ajudou a desenvolver um novo método para modelagem mais rápida de moléculas de aptâmeros para combater o coronavírus SARS-CoV-2. Isto é afirmado na publicação da revista Chemistry Europe.
Aptâmeros são moléculas capazes de encontrar células-alvo no corpo e agir sobre elas. O uso de aptâmeros na prática terapêutica é chamado de “medicina digital” devido à ação direcionada do medicamento, que é capaz de impedir que o vírus se ligue às células humanas.
Foto: Grupo de Empresas RSK
O poder de computação do Centro de Supercomputação Interdepartamental da Academia Russa de Ciências (MSC RAS) foi usado no curso de um estudo de dois anos realizado como parte do projeto internacional The Good Hope Net. Usando um novo procedimento de design iterativo, foram gerados aptâmeros altamente específicos para o domínio de ligação ao receptor da proteína spike SARS-CoV-2. No total, os especialistas modelaram 256 aptâmeros, dos quais oito foram selecionados para novas pesquisas.
Note-se que para acelerar o desenvolvimento, os cientistas aplicaram uma abordagem que combina a dinâmica molecular com a química quântica. Em particular, projeto molecular, modelagem molecular 3D do alvo, acoplamento do aptâmero com a proteína, modelagem de dinâmica molecular de complexos, avaliação mecânica quântica da interação entre o aptâmero e o alvo e verificação experimental em cada ciclo foram envolvidos.
«